その化粧品メーカーやそのうちのあるブランドをメーカーやブランドの顔として力を入れている店舗のこと。フラッグシップショップ専用の商品やサービスがあることも多い。旗艦店とも言う。
直営の単独大型店舗であることが一般的で、東京の銀座や表参道には化粧品に限らず多くのファッションブランドの旗艦店があることで有名。海外進出の際などはフラッグシップショップで成功が見えてから多店舗展開することが多い。