その物質でいられるための最小単位のこと。物質を分解していったときにその物質の性質が変わらない範囲での一番小さい単位。
分子はいくつかの原子がくっついた粒子で、例えば、酸素の分子は酸素原子（O）が2つ結びついたもので、水の分子は酸素原子（O）1個と水素原子（H）2個が結びついたもの。それぞれ結びつきを分解すると酸素も水もその性質が変わり酸素や水ではなくなってしまう。酸素と水でいられるための最小の単位が分子で、この例では酸素の分子と水の分子ということ。